Początki szkolnictwa w Goraju sięgają okresu oświaty różnowierczej. Charakterystyczne dla tego okresu (początki wieku XVII) jest ścieranie się idei szkół katolickich z ariańskimi i kalwińskimi.
O szkole gorajskiej z początków XVIII wieku znajdujemy wzmiankę, że „w roku 1711 w Goraju był dom, w którym uczyli się chłopcy i mieszkanie dla kierownika szkoły”. Wyraźne ślady szkolnictwa w Goraju odnajdujemy dopiero w początkach XIX wieku. Szkoła założona w 1808 r. w Goraju miała własny budynek, który wznieśli mieszkańcy miasta z materiałów przydzielonych przez Ordynację Zamojską. Oprócz izby szkolnej było w niej także mieszkanie dla nauczyciela. W gorajskiej szkole od lipca 1809 r. pracował nauczyciel Józef Dmuszyński. Po nim posadę nauczyciela objął Józef Markiewicz. W roku 1810 nadzór nad szkołą objął ustanowiony dozór szkolny. W szkole gorajskiej w nauczaniu stosowano metodę wzajemnego nauczania. Około roku 1820 istniała w Goraju także szkółka rzemieślniczo-niedzielna. Szkółka ta istniała przy szkole elementarnej. Zajęcia w niej prowadzili nauczyciele szkoły elementarnej, a utrzymywana była z kasy miejskiej.
Od 1821r. nauczycielem uczącym w szkole elementarnej był Marcin Łukaśkiewicz, który z powodu ustawicznych nieporozumień z mieszkańcami i opiekunem szkoły doprowadził do tego, że został usunięty, a jego miejsce od 15 listopada 1931r. zajął Lenczowski. Następne informacje o gorajskiej szkole pochodzą sprzed 1905r. Reakcyjność carskiego systemu szkolnego ujawniła się ze szczególną jaskrawością w zakresie oświaty elementarnej. Terenem działalności reakcyjnej, przeprowadzającej konkretne plany polityczne władz, stała się rządowa szkoła początkowa na wschodnich połaciach Guberni Lubelskiej. Dążności te znalazły odbicie w rozwoju szkolnictwa początkowego i w powiecie biłgorajskim, do którego należał Goraj. W powiecie biłgorajskim w roku 1904 początkowych szkół rządowych było 26, cerkiewnych 27.
Od roku 1906 w Goraju ożywioną działalność oświatową zaczęła prowadzić Polska Macierz Szkolna. Prezesem towarzystwa był ks. M. Dobiszewski.
W latach 1915-1924 kierownikami szkoły byli kolejno dwaj nauczyciele: Dyczewski i Babel. W roku 1924 kierownikiem został Pieniążek, po nim kierownictwo nad szkołą objął Dec (1928), ale ustąpił z tego stanowiska ze względu na brak kwalifikacji. W tym czasie przybył na pierwszą posadę nauczycielską absolwent seminarium nauczycielskiego, późniejszy wieloletni kierownik szkoły – Jan Skwieciński. Po odejściu Deca stanowisko kierownika objął Szewczyk. Szkoła posiadała dwa budynki: jeden z nich to obecnie przedszkole, a drugi znajdował się w miejscu obecnej szkoły. Budynek ten spłonął w czasie wojny. Chwilowo stacjonowali w nim Niemcy. Po Szewczyku kierownikiem szkoły został Stanisław Kapica, który po wybuchu wojny rzucił posadę. Obowiązki kierownika szkoły w okresie okupacji pełnił Jan Skwieciński. Jego żona zajmowała się tajnym nauczaniem. Skwieciński zajmował stanowisko kierownika szkoły do roku 1972.
Z dniem 1 września 1939 roku zostały zwolnione z pracy wszystkie nauczycielki mężatki. Część nauczycieli wyjechała. Z jedenastoosobowego zespołu pozostało czterech. Z tych jeden wkrótce został aresztowany, drugi uniknął aresztowania i musiał się ukrywać, trzeci wyjechał. Urzędujący jeszcze polski inspektor szkolny (Ruszec) zatrudnił troje kwalifikowanych, a od 1 września 1941r. do 24 maja 1943r. pracowała tu piąta osoba o nieznanym wykształceniu. Wynagrodzenie z trudem wystarczało na utrzymanie osoby pracującej, a tutaj musiało wystarczyć dla trzech rodzin czteroosobowych. Nauka odbywała się w czterech izbach lekcyjnych: trzech własnych i jednej w budynku prywatnym. Po pierwszym pożarze murowany budynek szkolny z dużą izbą lekcyjną zajęto na biuro zarządu gminy, a mieszkanie dla pracownika tego biura, przydzielając szkole małe pomieszczenie w domu pożydowskim. Stan taki dotrwał do końca wojny. Ilość uczącej się młodzieży znacznie zmalała – wiele rodzin nie posyłało dzieci ze względu na brak obuwia, ubrania lub w trosce o bezpieczeństwo. Historia i geografia zostały skreślone z programu. Wszelkie podręczniki były zakazane. Jedyną pomocą do języka polskiego był miesięcznik „Ster” i „Mały Ster”. Nauka była oparta na pamięci uczniów wspomaganej tablicą szkolną na ćwiczenie w pisaniu i liczeniu. Polska publiczna szkoła powszechna o 7 klasach z dniem 1 września 1943r. została przeorganizowana i utworzono 4 klasy z siedmioma rocznikami. Po bitwie wyzwoleńczej (26 lipca 1944r.) Goraj przedstawiał opłakany widok. Wszystkie izby lekcyjne, akta i sprzęt szkolny zostały spalone. Po zakończeniu działań wojennych większość uczniów zgłosiła się do szkoły; w klasie I w ciągu trzech lat ilość uczniów w wieku 7-10 lat osiągała setkę. Ubywało nauczycieli i od kwietnia 1945r. pozostało tylko dwoje do końca roku szkolnego i na następny rok szkolny – Jadwiga i Jan Skwiecińscy. Naukę rozpoczęto 13 września po opuszczeniu przez biuro urzędu gminy dużej i jedynej izby lekcyjnej w budynku szkolnym. Po dwóch tygodniach uzyskano mały pokoik w budynku plebani, który w następnym roku zamieniono na niewiele większy w budynku szkolnym po opuszczeniu go przez resztę biura urzędu gminy. Stan taki trwał do 20 października 1946r., tj. do czasu wejścia do dwóch izb na piętrze remizy O.S.P.
Od wyzwolenia prowadzono agitację o konieczności budowy szkoły. W dniu 12 października 1947r. zorganizowano dzień propagandy budowy szkoły. Niemal cały wrzesień 1953r. w miarę wykończania pomieszczeń poszczególne klasy przechodziły do nowego budynku, w którym mieściło się 7 izb lekcyjnych, 7 małych pokoików, szatnia i sala gimnastyczna. Nauka nadal prowadzona była na dwie zmiany. W końcu lat sześćdziesiątych zaczęto zabiegi o zwiększenie ilości pomieszczeń i dostosowanie do nowych wymogów przez dobudowę lub nadbudowę. W miarę otwierania się możliwości uzyskiwania pomieszczeń zwiększała się ilość nauczycieli. W okresie 28 lat 47 stawiało tu swoje pierwsze kroki. W latach 1950-1960 pracowało 19 nauczycieli niekwalifikowanych. Byli to absolwenci 9 klasy licealnej lub zasadniczej szkoły zawodowej. W początkach lat siedemdziesiątych na 15 nauczycieli tylko jeden miał wykształcenie średnie pedagogiczne, reszta dodatkowe kwalifikacje zdobyte zaocznie w SN, a niektórzy rozpoczęli studia zaoczne.
W 1974r. Szkoła Podstawowa w Goraju posiadała 9 izb lekcyjnych na około 330 uczniów. Pracowało w niej 18 nauczycieli. Pełniący funkcję Gminnego Dyrektora Szkół w latach 1973 – 1976 Józef Maksymiec przyczynił się do założenia w budynku gorajskiej szkoły instalacji centralnego ogrzewania, wybudowania instalacji wodno – kanalizacyjnej i uruchomienia wewnętrznych sanitariatów. Na tamte czasy był to ogromny postęp.
Stanowisko Gminnego Dyrektora Szkół w Goraju w okresie 1976 – 1981 piastował Władysław Piotrowski, który był duchowym opiekunem działającego przy szkole Zespołu Artystycznego „Serenada”. Natomiast funkcję Dyrektora Szkoły Podstawowej w latach 1978 – 1984 pełnili Jan Kulnianin i Witold Gorzała. Do obwodu szkolnego w Goraju uczęszczały wówczas dzieci z Goraja, Zastawia, Bononii oraz Folwarków, ponadto kilkoro dzieci z sąsiednich obwodów – Zagród i Wólki Abramowskiej. Nauka z konieczności odbywała się na dwie zmiany od godz. 8.00 do 16.30. W 1977r. utworzono świetlicę, która zajęła się m.in. dożywianiem uczniów. Organizacjami przejawiającymi największą aktywność w szkole były Zuchy, ZHP, zespół „Serenada”.
Dn. 22 maja 1982r. w Szkole Podstawowej w Goraju miała miejsce uroczystość nadania szkole imienia gen. Wł. Sikorskiego i wręczenia sztandaru.
W okresie od 01.1984r. do 31.08.1992r. funkcję Dyrektora Szkoły Podstawowej w Goraju pełnił Jerzy Wyrostek. Jego zastępcą był wówczas Witold Gorzała. Obaj włożyli spory wkład w budowę nowego skrzydła szkoły, które zostało uroczyście otwarte w dniu 25 listopada 1993r. Nowy obiekt zawierał 10 izb lekcyjnych. Uroczystego przecięcia wstęgi dokonał kurator oświaty Marian Szostak, a poświęcenia nowego skrzydła – ks. proboszcz Józef Czuk.
W 1999r. przeprowadzono reformę systemu edukacji, polegającą na utworzeniu sześcioklasowej szkoły podstawowej oraz trzyletniego gimnazjum. Część nauczycieli ze szkoły podstawowej została zatrudniona w gimnazjum.
Dyrektorzy Szkoły Podstawowej w Goraju w latach 1992-2013: Grażyna Fiedurek, Teodozja Szkołut, Urszula Maluga, Elżbieta Grodzka-Marek, Wanda Smyl.
Uchwałą Rady Gminy Goraj z dnia 26 sierpnia 2013 roku utworzono Zespół Szkół w Goraju, w skład którego weszły Szkoła Podstawowa oraz Gimnazjum w Goraju.
Dyrektorem utworzonego Zespołu Szkół została Elżbieta Różańska a wicedyrektorami: Wanda Smyl 2013-1015, Grażyna Kozibrzuch 2015-2022, Lucyna Rożek od 1 września 2022 roku.
1 września 2016 r. do Zespołu włączono nowo utworzone Przedszkole Samorządowe w Goraju.
W wyniku reformy edukacji w 2017 roku Szkołę Podstawową przekształcono w ośmioklasową szkołę podstawową z oddziałami gimnazjalnymi do czasu ich wygaszenia z dniem 31 sierpnia 2019 r.
Zespół Szkół od 2015 roku jest jedyną placówką oświatową na terenie Gminy Goraj.